州内生物物种繁多，素有“森林之州”称誉，全州森林覆盖率达62.78%，是国家28个重点林区之一，贵州省10个林业县，有8个在黔东南，有秃杉等37种植物被列为国家重点保护树种，还有黔金丝猴等国家一、二、三类保护动物10多种，是国家特有动植物种的中心保护区之一。州内共有各类植物2000多种，其中药用野生植物400多种，占全国药用植物种类的25%；中药材总蕴藏量达1080万吨，占贵州省中药总量的60%。现有三九集团、信邦公司、威门药业等3个GAP种植基地，太子参、何首乌、茯苓、半夏等几十味道地药材闻名世界，在日本、东南亚等国家入关免检。许多不为外界知晓而能治疗多种疑难杂症的苗药、侗药、瑶药等，在少数民族群众中流传甚广，形成了独特的“苗药三千，单方八百”的民族民间医药体系。

     全州现已探明储量的矿产有重晶石、铝钒土、汞、煤、铁、锰、锑、金、铅、锌、铜、磷、石灰石、白云石等，其中重晶石、玻璃用石英砂和锑矿名列贵州省的前三位，特别是重晶石保有储量占全国的60%以上。州内水能资源储藏量332万千瓦，可开发的水能资源达244万千瓦，是贵州省“西电东送”项目的重点源区之一。