柑桔研究所现有在职职工265人，其中科技人员109人，高级技术职务35人，博士10名，中国农业科学院二级学科杰出人才4人、三级学科杰出人才7 人。设有品种资源、栽培技术、植物保护、贮藏加工、南方果树信息等5个研究室，另外，“国家果树种质（重庆）柑桔圃”、“农业部柑桔及苗木质量监督检验测试中心”、“国家柑桔苗木脱毒中心”、“国家柑桔品种改良中心””、“重庆市植物病害生物学重点实验室”、“柑桔学重庆市市级重点实验室”……
　　由该所编辑出版、公开发行的两个专业刊物《中国南方果树》和《中国果业信息》订户遍布全国29个省（区、市），多次被授予广州市广告行业精神文明先进单位。
　　为适应我国农业科技体制改革的要求，目前该所实行中国农业科学院与西南大学（由原西南师范大学与西南农业大学合并组建而成）共建体制，保留中国农业科学院农业研究所名称，同时署名西南大学农业研究所。